Logotipas
Juozo Balčikonio gimnazija savo logotipą (emblemą, grafinį ženklą) turi nuo 1992-ųjų. Tais metais buvo paskelbtas jo kūrimo konkursas. Emblemos piešinys turėjo būti paprastas, aiškus ir, žinoma, originalus. Konkurse dalyvavo mokiniai bei mokytojai. Po ilgų diskusijų buvo patvirtintas logotipas, vaizduojantis atverstą knygą su aukštyn kylančiais lapais. Knygą juosė buvusio gimnazijos direktoriaus Julijono Lindės-Dobilo žodžiai: „Būkime esmės žmonėmis“.
Šis logotipas gyvavo daugiau nei du dešimtmečius. Vis dėlto jis buvo per daug tradiciškas, o gimnazija siekė išskirtinumo, unikalumo. Be to, logotipą buvo sunku sumažinti, norint jį naudoti kaip spaudą. Todėl 2006 metais gimnazijos direktoriaus Raimondo Dambrausko iniciatyva, dailės mokytojams padedant, pradėtas kurti naujasis mokyklos grafinis ženklas.
Logotipo pagrindą sudaro gimnazijos fasade esančios plaketės ornamentas – akanto lapas. Tai graikiškas ornamentas, naudojamas architektūroje nuo antikos laikų. Palmės vainikas primena saulės spindulius ir juose pasislėpusį tulpės žiedą. Ornamento pagrindas – atversta knyga. Ji simbolizuoja nuolatinį mokymąsi, atvirumą žinioms, be to, išlaiko ryšį su ankstesniu mokyklos logotipu.
Logotipe vyrauja tamsiai žalia ir geltona spalvos. Žalia reiškia grožį, džiaugsmą, sveikatą, viltį, geltona – kilmingumą, dorumą, protingumą.
Vėliava
Logotipas panaudotas kuriant gimnazijos vėliavą. Vienoje vėliavos pusėje, pačiame centre, pavaizduotas gimnazijos grafinis ženklas. Jį tarsi įrėmina gimnazijos bendruomenės šūkiu tapę direktoriaus Julijono Lindės-Dobilo žodžiai „Būkime esmės žmonėmis" ir mokyklos pavadinimas – Panevėžio Juozo Balčikonio gimnazija. Kairėje – graikiškas ornamentas, reiškiantis pastovumą, išmintį, tradicijų tęstinumą.
Kitoje vėliavos pusėje lotyniškai užrašyti mokyklos įkūrimo metai: „ANNO DOMINI∙1727∙“. Centre – gimnazijos inicialai JBG, apačioje – mokyklos pavadinimas.
Gairelė
Gimnazijos emblema tapo ir svarbiausiu gairelės akcentu. Po logotipu užrašyti mokyklos įkūrimo metai – 1727-ieji. Gairelės viršuje, virš graikiško ornamento, – gimnazijos pavadinimas.
Ekslibrisas
Juozo Balčikonio gimnazijos ekslibrise vaizduojamas vėliavėlę rankose laikantis angelas su atversta knyga vietoje sparnų. Šį ekslibrisą 2006 metais, gimnazijoje paskelbus konkursą, sukūrė gimnazistė Eglė Juozapaitytė. Jos kūrinys įveikė kelis konkurso etapus ir gimnazijos mokinių sprendimu buvo pripažintas nugalėtoju. Ramybę ir žinias simbolizuojantis angelas dabar yra naudojamas kaip spaudas gimnazijos bibliotekos knygoms žymėti.